mp3にしなくてもMIDIファイルのままでバグはとれました。
MIDIのトラックが初期化されていないのだったら、トラックを初期化したMIDIデータを作って、MIDIを再生する前にそのトラック初期化MIDIデータを必ず演奏するという方法で解決。
数日中にぽっぽもDLsiteに登録出来そうです。